【グループ１】
理学院
工学院
物質理工学院
情報理工学院
環境・社会理工学院
リベラルアーツ研究教育院
国際先駆研究機構（地球生命研究所）
附属図書館
イノベーション人材育成機構
リーダーシップ教育院
物質・情報卓越教育院
超スマート卓越教育院
エネルギー・情報卓越教育院
国際教育推進機構
社会人アカデミー
保健管理センター
学生支援センター
ものつくり教育研究支援センター
教育革新センター
学術国際情報センター
極低温研究支援センター
博物館
オープンイノベーション機構
企画立案執行組織
事務局
（学院等事務部，附属科学技術高等学校業務推進課を含む）
オープンファシリティーセンター
附属科学技術高等学校

【グループ２】
生命理工学院
科学技術創成研究院
国際先駆研究機構（地球生命研究所を除く）
放射線総合センター

【グループ３】
総合研究大学院大学
政策研究大学院大学
大学改革支援・学位授与機構